Exploitation des séquences

Quelques serveurs qui vous seront utiles au cours de ce stage...
il en existe bien sur beaucoup d'autres que vous explorerez petit a petit.......

Quelques serveurs :

Expasy
NCBI
EMBL
EBI
Infobiogen
PDB
Sanger


Banques :

Sequences :
Entrez
SRS
SWISS-PROT
OWL

Motifs/domaines :
PROSITE
PRINTS
BLOCKS
Pfam
Smart
CD-search (RPS-BLAST)
ScanProsite a sequence against PROSITE or a pattern against SWISS-PROT and TREMBL
ProfileScan

Structures :
CATH
SCOP
HHS
PDBSum
MMDB

Bibliographie :
MEDLINE


RECHERCHE DE SIMILITUDES :
Recherche BLAST (NCBI)

BLASTP (protein BLAST)
Standard BLAST search
PSI-BLAST and PHI-BLAST
search for nearly exact matches

Translated BLAST
Nucleotide query - Protein db [blastx]
Protein query - Translated db [tblastn]
Nucleotide query - Translated db [tblastx]

Conserved domains
CDD using RPS-BLAST
by domain architecture (DART)

Pairwise
BLAST 2 sequences

Recherche BLAST (Pole Bioinformatique Lyonnais):
BLAST2
Recherche BLAST (Infobiogen):
BLAST 2.0
Recherche BLAST (EMBnet-CH):
BLAST 2.0
 

Fasta3

H.C.A.
HCA


Alignements Multiples :
ClustalW
Multalin

Predictions Structures secondaires :
PredictProtein(PHD)
SOPMA
123D
Psi Pred
Jpred

Modélisation:
Modélisation automatique :
SWISS-MODEL
Modélisation semi-automatique (basses identités)
CBS-Metaserver
Threading (inclus dans le CBS-Metaserver):
3D-PSSM
FUGUE
mGenTHREADER
SAM-T99
JPRED2
Evaluation des modèles :
Verify 3D


Un petit peu d'UNIX
Cours
Commandes